Pandemi bukan penghalang untuk menggapai impian. Semangat berprestasi juga belum berhenti. Seiring berjalannya waktu semua harus tetap mengikuti bergulirnya sang waktu. Begitu juga di Matsaga, civitas akademika tetap berjalan meskipun semua dilaksanakan dengan daring. Semua kegiatan tetap berjalan dengan motivasi tinggi di antaranya pendampingan olimpiade Matematika, IPA, dan IPS. Keinginan untuk berprestasi tidak menyurutkan semangat para siswa dan pembina di MTs Negeri 3 Kebumen. Dari semua kegiatan tersebut mendapatkan berbagai prestasi yang diikutinya. Salah satu kompetisi yang diikuti oleh siswa adalah KSM.

KSM [Kompetisi Sains Madrasah] IPA mampu menembus peringkat tiga besar provinsi atas nama Muhammad Hamdan Rifa’i.  Kompetisi Sains Madrasah ini diselengarakan secara online pada hari Senin, 20 September 2021. Untuk pelaksanaan KSM di Kabupaten Kebumen, ditempatkan di MTsN 1 Kebumen. Meskipun pelaksanaannya online tetapi peserta ditempatkan di ruangan khusus dengan prokes dan pengawasan ketat. Ratusan siswa dari berbagai daerah se-Provinsi Jawa Tengah mengikuti kompetisi ini, saling bersaing dengan sehat untuk menjadi yang terbaik. Prestasi yang diraih oleh siswa MTs Negeri 3 ini membuktikan bahwa madrasah khususnya MTs Negeri 3 Kebumen (Matsaga) mampu bersaing dan memiliki kualitas yang patut diperhitungkan. Hasil yang menggembirakan ini tak lepas dari usaha mereka dalam belajar dan berlatih. Prestasi yang mereka raih tentunya tidak lepas dari peran serta bapak-ibu guru pembimbing KSM.

MTs Negeri 3 Kebumen memiliki ekstrakurikuler bimbingan khusus olimpiade yang bertujuan untuk mempersiapkan para siswa dalam menghadapi kompetisi di bidang akademik semenjak dini. Pembimbing olimpiade IPA adalah  Yani Masrifah, M.Pd. dan  Yuniasih, S.Pd. Hasil yang diraih oleh Muhammad Hamdan Rifa’i.menambah deretan prestasi MTs Negeri 3 Kebumen di September ini. Selain KSM masih ada beberapa prestasi yang ditorehkan oleh siswa MTs Negeri 3 Kebumen lainnya. Di antaranya Darmawan Kundartho memperoleh medali perak pada Kompetisi Sains Indonesia Hebat mapel IPA dan Nuuri Butsainah medali perak  pada POSI [Pelatihan Olimpiade Sains Indonesia] mapel IPS. Hal ini tentunya sesuai dengan tagline yang dimiliki MTs Negeri 3 Kebumen yaitu Matsaga, Madrasah Tahfidz Berkarakter Juara.