Ketika siswa-siswi yang telah menamatkan pendidikan di MII tersebut maka fenomena selanjutnya adalah kebutuhan akan pendidikan lanjutan setingkat Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama (SLTP) yang berbasis pendidikan agama (Madrasah). Tokoh-tokoh kembali melakukan diskusi dan gebrakan dengan mendirikan Madrasah Tsanawiyah Islamiyah (MTI). Tepatnya pada tanggal 15 Desember 1965.

Peserta didik MTI sendiri berasal dari desa-desa di sekitar Desa Triwarno yang masih satu kecamatan yaitu Kecamatan Kutowinangun. Desa tersebut antara lain Desa Korowelang, Desa Jlegiwinangun, Desa Babadsari, Desa Ungaran, Desa Lumbu, Desa Pejagatan dan desa-desa lainnya. Bahkan, ada sejumlah peserta didik yag berasal dari desa-desa dari Kecamatan Prembun. Diantaranya Desa Kabuaran, Desa Pesuningan, Desa Sidogede dan Desa Mulyosari.

Adapun tenaga pendidik di MTI merupakan tenaga pendidik yang berasal dari tokoh agama, guru-guru agama di Desa Triwarno dan guru-guru dari Sekolah Dasar (SD) Triwarno sebagai guru yang mengampu mata pelajaran umum, seperti Bahasa Indonesia, Matematika, Olah Raga, dan sebagainya. 

Dengan kerjasama dari semua pihak yang terkait, pada tanggal 20 Mei 1969 Madrasah Tsanawiyah Islamiyah (MTI) tersebut mendapatkan Surat Keputusan (SK) Penegerian yang ditandatangani oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama (Sekarang menjadi Kementerian Agama) Provinsi Jawa Tengah (Kakanwil Depag Prov. Jateng) yaitu Nuryahman. Penyerahan SK tersebut langsung dilakukan oleh Kakanwil Depag Prov. Jateng Bapak Nuryahman dengan didampingi oleh Efendi, S.H. kepada Kepala Madrasah saat itu H. Syarif Qomarudin. Salah satu poin yang terdapat dalam Surat Keputusan (SK) tersebut adalah perubahan nama madrasah yang semula Madrasah Tsanawiyah Islamiyah (MTI) menjadi Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) Triwarno Kecamatan Kutowinangun Kabupaten Kebumen.

Relokasi MTsN Triwarno Kutowinangun

Seiring berjalannya waktu ternyata Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) Triwarno mampu bersaing dengan lembaga pendidikan lain yang setingkat dan dapat berkembang dengan pesat. Hal tersebut berimbas pada kebutuhan sarana prasarana yang juga terus berkembang. Perkembangan tersebut ternyata tidak didukung dengan wilayah Desa Triwarno yang dilewati sungai besar, yaitu Sungai Kaliwatu yang bersumber dari Bendungan Bedegolan (yang dibangun pada masa penjajahan kolonial Belanda).

Melihat kondisi letak  geografis  Madrasah Tsnawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) Triwarno yang tidak mendukung terhadap pengembangan madrasah ke depan, kemudian Kakanwil Depag Prov. Jateng memberikan saran dan arahan agar MTs AIN melakukan relokasi ke daerah perkotaan (kota kecamatan) agar upaya pengembangan madrasah lebih maksimal dan memenuhi kebutuhan masyarakat akan pendidikan dasar berbasis madrasah yang modern dan berkualitas kedepannya.

Hal tersebut kemudian menjadi dasar bagi Kepala MTs AIN Triwarno bersama tokoh masyarakat beserta pihak pemerintahan Desa Triwarno berkoordinasi dan berkonsultasi dengan pihak-pihak yang terkait, yaitu Kepala Kantor Kecamatan Kutowinangun dan Bupati Kebumen dan Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Kebumen dan pihak-pihak lain yang terkait dalam pendidikan.

Pada akhirnya pada tanggal 3 Maret 1972 secara resmi MTs AIN Triwarno dipindahkan ke daerah yang berada di sekitar Kecamatan Kutowinangun.

Titik awal perpindahan tersebut berada di Desa Lajer Kecamatan Ambal Kabupaten Kebumen. Tempat pertama adalah sebuah rumah penduduk bernama H. Abdul Rochim yang disewa untuk kegiatan belajar mengajar siswa- siswi Madrasah Tsnawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) Triwarno Kecamatan Kutowinangun. Hal tersebut telah mendapatkan persetujuan dari Kakanwil Prov. Jawa Tengah, pengurus madrasah, tokoh masyarakat, tokoh agama dan pihak pemerintahan terkait. Rumah warga tersebut ternyata cukup besar sehingga dapat digunakan sebagai ruang kelas, ruang kantor, dan sebagian lagi sebagai ruang guru.

 Perkembangan selanjutnya adalah karena jumlah peserta didik yang terus bertambah, bahkan mencapai sekitar 100 anak maka dilakukan relokasi yang kedua. Pengurus madrasah diperbolehkan menggunakan gedung Pengurus Nahdatul Ulama (NU) Kecamatan Kutowinangun yang merupakan wakaf dari Bapak Syaebani yang mampu menampung siswa sejumlah 100 anak dari 3 kelas. Gedung tersebut berada tepat di Kota Kecamatan Kutowinangun.

Antusiasme masyarakat di Kutowinangun ternyata cukup tinggi untuk menyekolahkan anak-anaknya ke lembaga pendidikan madrasah. Oleh karena itu, pengurus madrasah berusaha mempunyai gedung sendiri agar tidak berpindah-pindah.

Sekitar tahun 1980-an pengurus madrasah mendapatkan tanah wakaf seluas 60 ubin (+ 840 m²) dari Bapak Abu Bakar yang berlokasi di Desa Kepedek (sekarang bernama Desa Mekarsari) Kecamatan Kutowinangun yang merupakan perbatasan antara Kecamatan Kutowinangun dan Kecamatan Ambal. Pada tahun tersebut, juga terbit peraturan pemerintah tentang penamaan lembaga pendidikan. Untuk itu, Madrasah Tsanawiyah Agama Islam (MTs AIA) Triwarno Kecamatan Kutowinangun bertransformasi menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Triwarno Kutowinangun Kabupaten Kebumen atau lebih dikenal dengan sebutan MTsN Triwarno Kutowinangun Kabupaten Kebumen.

Pembangunan gedung tersebut merupakan pondasi awal dari Madrasah Tsanawiyah Negeri Triwarno Kutowinangun. Dalam perjalanan selanjutnya pihak madrasah mendapatkan bantuan dan dukungan penuh dari pihak masyarakat yang diwakili oleh Badan Pembantu Penyelenggara Pendidikan (BP3)yang sekarang disebut dengan Komite Madrasah. Sebagai wujud dukungan penuh terhadap madrasah adalah dengan penyerahan tanah seluas 375 ubin (+ 5.250 m²) kepada pihak madrasahyang terbagi menjadi 3 bidang tanah. Tanah tersebut atas nama ahli waris 3 orang yang selanjutnya dilakukan pembangunan gedung tempat pendidikan bagi peserta didik MTsN Triwarno Kutowinangun sebanyak 3 ruang kelas.

Dari segi sarana prasarana tersebut ternyata MTsN Triwarno Kutowinangun berkembang dengan pesat. Hal tersebut terbukti dalam kurun waktu antara tahun 1985 sampai dengan tahun 2000 (15 tahun) mampu melengkapi hingga 30 ruang kelas. Pada tahun 2010 kelangkapan sarana prasarana pendukung seperti Laboratoriun Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Laboratorium Komputer, dan Laboratorium Bahasa juga telah tersedia.

Saat ini adalah momentum penting bagi pendidikan MTsN Triwarno Kutowinangun untuk terus meningkatkan kualitas pendidikan madrasah yang utamanya madrasah tsanawiyah (MTs) agar mampu terus bersaing di tingkat nasional atau bahkan internasional.

Program terbaru di tahun 2016 MTsN Triwarno Kutowinangun Kabupaten Kebumen adalah menjadikan MTsN Triwarno Kutowinangun sebagai Madrasah Adiwiyata.

Seiring berjalannya waktu, MTsN Triwarno Kutowinangun mengalami perkembangan yang cukup pesat berbagai kejuaraan diraih baik oleh peserta didiknya maupun oleh madrasahnya sendiri. Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 810 tahun 2017 pada tanggal 3 Oktober 2017 nama MTsN Triwarno Kutowinangun berubah menjadi MTs Negeri 3 Kebumen. Dengan nama yang baru tersebut, MTs Negeri 3 Kebumen atau Matsaga menjadi lebih berprestasi, menjadi lebih besar, dan berkualitas, Tentunya mampu bersaing dengan sekolah-sekolah yang berada di sekitar Kecamatan Kutowinangun sampai sekarang. 

Kepala Madrasah

Sejak berdiri hingga sekarang, MTsN 3 KEBUMEN Kabupaten Kebumen telah dipimpin oleh:

1. H. Syarif Qomarudin yang menjabat dari tahun 1969 sampai dengan tahun 1980.

2. Muhammad Irfangi yang menjabat dari tahun 1980 sampai dengan tahun 1987.

3. Drs. Much. Machsum yang menjabat dari tahun 1987 sampai dengan tahun 1989.

4. Drs. Nasimun yang menjabat dari tahun 1989 sampai dengan tahun 1993.

5. Drs. M. Dawud yang menjabat dari tahun 1993 sampai dengan tahun 1996.

6. Dra. Juwariyah yang menjabat dari tahun 1996 sampai dengan tahun 1998.

7. Drs. Muhammad Aliyudin yang menjabat dari tahun 1998 sampai dengan tahun 2003.

8. H. Ngazizi, B.A. yang menjabat dari tahun 2003 sampai dengan tahun 2005.

9. H. Alim Qodar, S.Pd.I. yang menjabat dari tahun 2005 sampai dengan tahun 2007.

10. H. Cholilurrochman, M.Ag.yang menjabat dari tahun 2007 sampai dengan tahun 2015.

11. Drs. H. Sugeng Warjoko, M.Ed. yang menjabat dari tahun 2015-2021

12. H. Jahroni, M.Pd.I yang menjabat dari tahun 2021 sampai dengan sekarang

Demikianlah sejarah singkat tentang awal berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 3 Kebumen hingga sekarang. Semoga dapat memberikan manfaat yang khususnya bagi MTsN 3 Kebumen dan bagi masyarakat pada umumnya.