Ketika siswa-siswi yang telah menamatkan pendidikan di MII tersebut maka fenomena selanjutnya adalah kebutuhan akan pendidikan lanjutan setingkat Sekolah Lanjutan Tingkat Pertama (SLTP) yang berbasis pendidikan agama (Madrasah). Tokoh-tokoh kembali melakukan diskusi dan gebrakan dengan mendirikan Madrasah Tsanawiyah Islamiyah (MTI). Tepatnya pada tanggal 15 Desember 1965.
Peserta didik MTI sendiri berasal dari desa-desa di sekitar Desa Triwarno yang masih satu kecamatan yaitu Kecamatan Kutowinangun. Desa tersebut antara lain Desa Korowelang, Desa Jlegiwinangun, Desa Babadsari, Desa Ungaran, Desa Lumbu, Desa Pejagatan dan desa-desa lainnya. Bahkan, ada sejumlah peserta didik yag berasal dari desa-desa dari Kecamatan Prembun. Diantaranya Desa Kabuaran, Desa Pesuningan, Desa Sidogede dan Desa Mulyosari.
Adapun tenaga pendidik di MTI merupakan tenaga pendidik yang berasal dari tokoh agama, guru-guru agama di Desa Triwarno dan guru-guru dari Sekolah Dasar (SD) Triwarno sebagai guru yang mengampu mata pelajaran umum, seperti Bahasa Indonesia, Matematika, Olah Raga, dan sebagainya.
Dengan kerjasama dari semua pihak yang terkait, pada tanggal 20 Mei 1969 Madrasah Tsanawiyah Islamiyah (MTI) tersebut mendapatkan Surat Keputusan (SK) Penegerian yang ditandatangani oleh Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama (Sekarang menjadi Kementerian Agama) Provinsi Jawa Tengah (Kakanwil Depag Prov. Jateng) yaitu Nuryahman. Penyerahan SK tersebut langsung dilakukan oleh Kakanwil Depag Prov. Jateng Bapak Nuryahman dengan didampingi oleh Efendi, S.H. kepada Kepala Madrasah saat itu H. Syarif Qomarudin. Salah satu poin yang terdapat dalam Surat Keputusan (SK) tersebut adalah perubahan nama madrasah yang semula Madrasah Tsanawiyah Islamiyah (MTI) menjadi Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) Triwarno Kecamatan Kutowinangun Kabupaten Kebumen.
Seiring berjalannya waktu ternyata Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN)
Triwarno mampu bersaing dengan lembaga pendidikan lain yang setingkat dan dapat
berkembang dengan pesat. Hal tersebut berimbas pada kebutuhan sarana prasarana
yang juga terus berkembang. Perkembangan tersebut ternyata tidak didukung dengan
wilayah Desa
Triwarno yang dilewati sungai besar, yaitu Sungai Kaliwatu yang bersumber dari Bendungan
Bedegolan (yang dibangun pada masa penjajahan kolonial Belanda).
Melihat kondisi letak geografis
Madrasah Tsnawiyah Agama Islam Negeri (MTs AIN) Triwarno yang tidak
mendukung terhadap pengembangan madrasah ke depan, kemudian Kakanwil Depag
Prov. Jateng memberikan saran dan arahan agar MTs AIN melakukan relokasi ke
daerah perkotaan (kota kecamatan)
agar upaya pengembangan madrasah lebih maksimal dan memenuhi kebutuhan
masyarakat akan pendidikan dasar berbasis madrasah yang modern dan berkualitas
kedepannya.
Hal tersebut kemudian menjadi dasar bagi Kepala MTs AIN Triwarno bersama tokoh masyarakat
beserta pihak pemerintahan Desa Triwarno berkoordinasi dan berkonsultasi dengan pihak-pihak yang
terkait, yaitu Kepala Kantor Kecamatan Kutowinangun dan Bupati Kebumen dan Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Kebumen dan
pihak-pihak lain yang terkait dalam pendidikan.
Pada akhirnya pada tanggal 3 Maret 1972 secara resmi MTs AIN Triwarno dipindahkan
ke daerah yang berada di sekitar Kecamatan Kutowinangun.
Titik awal perpindahan tersebut berada
di Desa Lajer
Kecamatan
Ambal Kabupaten
Kebumen. Tempat pertama adalah sebuah rumah penduduk bernama H. Abdul Rochim
yang disewa untuk kegiatan belajar mengajar siswa- siswi Madrasah Tsnawiyah Agama Islam Negeri (MTs
AIN) Triwarno Kecamatan Kutowinangun. Hal tersebut telah mendapatkan
persetujuan dari Kakanwil Prov. Jawa Tengah, pengurus madrasah, tokoh masyarakat, tokoh agama dan pihak
pemerintahan terkait. Rumah warga tersebut ternyata cukup besar sehingga dapat
digunakan sebagai ruang kelas, ruang kantor, dan sebagian lagi sebagai ruang guru.
Antusiasme masyarakat di Kutowinangun ternyata cukup tinggi untuk menyekolahkan anak-anaknya ke
lembaga pendidikan madrasah. Oleh karena itu, pengurus madrasah berusaha mempunyai gedung
sendiri agar tidak berpindah-pindah.
Sekitar tahun 1980-an pengurus madrasah mendapatkan tanah wakaf seluas
60 ubin (+ 840 m2) dari Bapak Abu Bakar yang berlokasi di Desa Kepedek (sekarang
bernama Desa
Mekarsari) Kecamatan
Kutowinangun yang merupakan perbatasan antara Kecamatan Kutowinangun dan Kecamatan Ambal. Pada
tahun tersebut, juga terbit peraturan pemerintah tentang penamaan lembaga pendidikan.
Untuk itu,
Madrasah Tsanawiyah Agama Islam (MTs AIA) Triwarno Kecamatan Kutowinangun
bertransformasi menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Triwarno
Kutowinangun Kabupaten Kebumen atau lebih dikenal dengan sebutan MTsN
Triwarno Kutowinangun Kabupaten Kebumen.
Pembangunan gedung tersebut merupakan pondasi awal dari Madrasah
Tsanawiyah Negeri Triwarno Kutowinangun. Dalam perjalanan selanjutnya pihak
madrasah mendapatkan bantuan dan dukungan penuh dari pihak masyarakat yang
diwakili oleh Badan Pembantu Penyelenggara Pendidikan (BP3)yang sekarang disebut dengan Komite Madrasah. Sebagai wujud dukungan
penuh terhadap madrasah adalah dengan penyerahan tanah seluas 375 ubin (+ 5.250 m2)
kepada pihak madrasahyang terbagi menjadi 3 bidang tanah. Tanah tersebut atas nama
ahli waris 3 orang yang selanjutnya dilakukan pembangunan gedung tempat
pendidikan bagi peserta didik MTsN Triwarno Kutowinangun sebanyak 3 ruang kelas.
Dari segi sarana prasarana tersebut ternyata MTsN Triwarno Kutowinangun
berkembang dengan pesat. Hal tersebut terbukti dalam kurun waktu antara tahun
1985 sampai dengan tahun 2000 (15 tahun) mampu melengkapi hingga 30 ruang
kelas. Pada tahun 2010 kelangkapan sarana prasarana pendukung seperti
Laboratoriun Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Laboratorium Komputer, dan
Laboratorium Bahasa juga telah tersedia.
Saat ini adalah momentum penting bagi pendidikan MTsN Triwarno Kutowinangun
untuk terus meningkatkan kualitas pendidikan madrasah yang utamanya madrasah
tsanawiyah (MTs) agar mampu terus bersaing di tingkat nasional atau bahkan
internasional.
Program terbaru di tahun 2016 MTsN Triwarno Kutowinangun Kabupaten
Kebumen adalah menjadikan MTsN Triwarno Kutowinangun sebagai Madrasah
Adiwiyata.
Seiring berjalannya waktu, MTsN Triwarno
Kutowinangun mengalami perkembangan yang cukup pesat
berbagai kejuaraan diraih baik oleh peserta didiknya maupun oleh madrasahnya sendiri. Berdasarkan Keputusan Menteri Agama
Republik Indonesia Nomor 810 tahun 2017 pada tanggal 3 Oktober 2017 nama MTsN Triwarno
Kutowinangun
berubah menjadi MTs Negeri 3 Kebumen. Dengan nama yang baru tersebut, MTs Negeri 3 Kebumen
atau Matsaga menjadi lebih berprestasi, menjadi lebih
besar, dan berkualitas, Tentunya mampu
bersaing dengan sekolah-sekolah yang
berada di sekitar Kecamatan
Kutowinangun sampai sekarang.
Kepala Madrasah
Sejak berdiri hingga
sekarang, MTsN 3 KEBUMEN Kabupaten Kebumen telah dipimpin oleh:
1. H. Syarif Qomarudin yang menjabat
dari tahun 1969 sampai dengan tahun 1980.
2. Muhammad Irfangi yang menjabat
dari tahun 1980 sampai dengan tahun 1987.
3. Drs. Much. Machsum yang menjabat
dari tahun 1987 sampai dengan tahun 1989.
4. Drs. Nasimun yang menjabat dari
tahun 1989 sampai dengan tahun 1993.
5. Drs. M. Dawud yang menjabat dari
tahun 1993 sampai dengan tahun 1996.
6. Dra. Juwariyah yang menjabat dari
tahun 1996 sampai dengan tahun 1998.
7. Drs. Muhammad Aliyudin yang
menjabat dari tahun 1998 sampai dengan tahun 2003.
8. H. Ngazizi, B.A. yang menjabat
dari tahun 2003 sampai dengan tahun 2005.
9. H. Alim Qodar, S.Pd.I. yang
menjabat dari tahun 2005 sampai dengan tahun 2007.
10. H. Cholilurrochman, M.Ag.yang
menjabat dari tahun 2007 sampai dengan tahun 2015.
11. Drs. H. Sugeng Warjoko, M.Ed. yang
menjabat dari tahun 2015-2021
12. H. Jahroni, M.Pd.I yang menjabat dari tahun 2021 sampai dengan sekarang
Demikianlah sejarah singkat tentang awal berdirinya Madrasah Tsanawiyah
Negeri (MTsN) 3 Kebumen hingga sekarang. Semoga dapat memberikan manfaat yang
khususnya bagi MTsN 3 Kebumen dan bagi masyarakat pada umumnya.