A. Visi MTs Negeri 3 Kebumen

"Terwujudnya insan yag bertaqwa, berbudaya, berprestasi, berprestasi, inovatif dan berlingkungan"

B. Misi MTs Negeri 3 Kebumen

Misi MTs Negeri 3 Kebumen adalah sebagai berikut.

1. Membangun kesadaran warga madrasah untuk memahai, menghayati dan mengamalkan ajaran islam dalam kehidupan sehari-hari.

2. Menumbuhkembangkan rasa cinta terhadap budaya lokal dan budaya Islami. 

3. Melaksanakan pengelolaan madrasah dengan manajemen partisipatif dengan melibatkan seluruh warga madrasah dan kelompok kepentingan secara transparan, kredibel, akuntabel dan profesional.

4. Melaksanakan pembelajaran yang efektif dan profesional berbasis multimedia sehingga peserta didik meraih prestasi maksimal sesuai dengan potensi yang mereka miliki.

5. Mendorong, membimbing dan memfasilitasi peserta didik untuk mengembangkan potensi dalam bidang sains, riset dan ilmu sosial

6. Meningkatkan kesadaran peserta didik dalam menghafal Al Quran

7. Mendorong, membimbing dan memfasilitasi peserta didik untuk mengembangkan  kemampuan, bakat, dan minatnya sehingga berkembang secara optimal dan memiliki daya saing yang tinggi.

8. Menumbuhkembangkan budaya gemar membaca dan menulis serta semangat meraih prestasi, baik prestasi akademik maupun non akademik.

9. Melengkapi sarana dan prasarana pembelajaran yang berkualitas dan memadai.

10. Menata lingkungan madrasah menuju madrasah hijau, bersih, sehat, rapi dan indah

11. Menumbuhkan kesadaran dan budaya peduli lingkungan warga madrasah